- Bilgisayar Enformasyon Sistemleri Araştırma ve Teknoloji Merkezi (BESATEM)
- (AVRAM) Avrasya Araştırmaları Merkezi
- Bilgi Yönetimi Araştırmaları Merkezi (BİYAMER)
- Çevre Bilimleri Enstitüsü ve Herbarium Merkezi
- Deprem ve Zemin Araştırma ve Değerlendirme Merkezi (DEPZEM)
- Doku Mühendisliği ve Biyomateryaller Araştırma Merkezi (CTEB)
- Doğa Biyoizlem, Koruma ve Araştırma Merkezi (DOBİKAM)
- Genetik ve Kanser Tanı-Araştırma Merkezi
- Kıbrıs Araştırmaları Merkezi (YDÜ-KAM)
- Kıbrıs Tarihi Araştırmaları Merkezi (YDÜ-KTAM)
- İnovasyon ve Bilişim Teknolojileri Araştırma Merkezi
- İrfan Günsel Araştırma Merkezi
- İletişim Araştırmaları Merkezi
- Matematik Araştırmaları Merkezi
- Mimarlık Kentsel Kırsal Yaşam Araştırma Merkezi ( NEU MKKYAM)
- Sanat ve Tasarım Araştırmaları Merkezi
- Rauf Raif Denktaş Araştırma Merkezi
- Strateji ve Enerji Politikaları Araştırma Merkezi
- Toplumsal Araştırma ve Geliştirme Merkezi
- Turizm Araştırma Merkezi
- Sağlıkta Yöneylem Merkezi
- Uygulamalı Yapay Zeka Merkezi
- Yakın Doğu Enstitüsü
- YDÜ-IBM İleri Araştırmalar Merkezi